votre question est un peux général:
Si vous parlez des serveurs comment ils gèrent plusieurs domaines sur le mm serveurs: ils utilisent le principe des Vhosts, c'est une configuration a faire sur les serveurs WEB, pour dire que ce domaine, pointe sur ce dossier...
chaque dossier appartient a un compte FTP, généralement c un Compte utilisateurs sur le serveur...

Un nom de domaine, pointe vers un serveur, ce serveur lit le domaine demandé il va regarder dans la configuration des Vhost, et il cherche le dossier en question...

ou vous parlez comment on gère les noms de domaines...