Je crois d'ailleurs que c'est une des choses les plus "chiante" pour un internaute. En effet à la suite d'une réduction d'une fenêtre de navigation ou quand un site a un peu "obligé" IE à s'ouvrir avec une certaine taille, cette taille demeure avec les nouvelles fenêtre et cela même en la redimensionnant.
Pour résoudre définitivement cette galère voici la procédure:

Faites Démarrer / Executer / et tapez "regedit"
Ensuite recherchez la clé:
HKEY_CURRENT_USER/ Software/ Microsoft/ Internet Explorer/ Main

Supprimez la valeur Window_Placement en cliquant dessus avec le bouton droit de la souris et en choisissant la commande Supprimer.

Plus qu'à refermer le registre pour une bonne prise en compte.

Et pensez à faire une sauvegarde de la partie du registre que vous changez avant de faire quoi que ce soit.